الموقع التخصصي للمسجد، يقعمسجد الإمام الحسين بن علي في القاهرة بمصر في القاهرة القديمة في الحي الذي سمى باسم الإمام ( حي الحسين) وبجوار المسجد أيضا يوجد الخان الخليليالشهيروالجامع الأزهر.
بني المسجد في عهد الفاطميينسنة 549 هجرية الموافق لسنة 1154 ميلادية تحت إشراف الوزير الصالح طلائع، ويضم المسجد 3 أبواب مبنية بالرخام الأبيض تطل على خان الخليلي، وبابًا آخر بجوار القبة ويعرف بالباب الأخضر.
سمي المسجد بهذا الاسم نظرًا لاعتقاد البعض بوجود رأس الامام الحسين مدفونًا به، إذ تحكي بعض الروايات أنه مع بداية الحروب الصليببيّة خاف حاكم مصر الخليفة الفاطمي على الرأس الشريف من الأذى الذي قد يلحق بها في مكانها الأول في مدينة عسقلان بفلسطين، فأرسل يطلب قدوم الرأس إلى مصر وحمل الرأس الشريف إلى مصر ودفن في مكانه الحالي وأقيم المسجد عليه.
أن موضع الرأس بالقاهرة وهو أيضا امتداد للرأي السابق حيث يروي المقريزي أن الفاطميين قرروا حمل الرأس من عسقلان إلى القاهرة وبنوا له مشهدا كبيرا وهو المشهد القائم الآن في حي الحسين في القاهرة وهو ما حققه المؤرخ " أيمن فؤاد سيد" أستاذ الدراسات الفاطمية في جامعة القاهرة في كتابه "الدولة الفاطمية في مصر" إستنادا إلى منهج البحث العلمي اذ يقول "ولكن أهم مشهد أضافه الفاطميون الى الطبوغرافية الدينية للقاهرة هو المشهد الحسيني ، حيث نقل الفاطميون في سنة 548 هج رأس الحسين بن علي بن أبي طالب طالب ، التي كانت مدفونة في عسقلان خوفا عليها من الفرنج ودفنوهاداخل القصر الفاطمي في قبة الديلم التي يؤدي اليها باب الديلم ، باب القصر الفاطمي الكبير الجنوبي. وهناك رواية محلية بين المصريين ليس لها مصدر معتمد سوى حكايات الناس وكتب المتصوفة أن الرأس جاء مع زوجة الحسين عنهشاه زنان بنت يزدجرد الملقبة في مصر بأم الغلام التي فرت من كربلاء على فرس.
يشتمل المبنى على خمسة صفوف من العقود المحمولة على أعمدة رخامية ومحرابه بني من قطع صغيرة من القيشاني الملون بدلا من الرخام وهو مصنوع عام 1303 هـ وبجانبه منبر من الخشب يجاوره بابان يؤديان إلى القبة وثالث يؤدي إلى حجرة المخلفات التي بنيت عام 1311 هـ. والمسجد مبني بالحجر الأحمر على الطراز الغوطي أما منارته التي تقع في الركن الغربي القبلي فقد بنيت على نمط المآذن العثمانية فهي اسطوانية الشكل. ولها دورتان وتنتهي بمخروط وللمسجد ثلاثة أبواب من الجهة الغربية وباب من الجهة القبلية وباب من الجهة البحرية يؤدي إلى صحن به مكان الوضوء.
